An Open Letter to Ewert and Others On Natural System

About Systema Naturae
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My friends,

I have seeing some posts about something as a graph dependence to explain the Natural System. Our friends have called “dependency graph hypothesis”. Andrew Jones says:

Winston Ewert has proposed the dependency graph hypothesis as a superior explanation that explains the organization of high-level biological data in terms of design.

Cornelius Hunter exposes overwhelming superiority: “we now have detailed, quantitative results demonstrating this. And Ewert provides a new model, with a far superior fit to the data”.

Andrew Jones uses dependency hypothesis to explain that “A Suspicious Pattern of Deletion” suggesting that life is better explained by dependency graph than phylogenetic tree.

Brian Milller was more careful, he says about Ewert’s work: “represents only the first step in evaluating and developing his framework. Still, the significance of this research cannot be overstated”. In any case, we have now many possibilities.

Linnean Roots of Natural System: The tree pattern underlies organic systems

I think that we have now a naïve view of Natural System design overall. I think that we should maintaining our Linnaean roots and our models tree-based recovering our primacy in these fields.

With the development of technologies of a higher level of engineering, man was faced with the imbrication of information in its developments. Information systems have become the heart of their creations. All dynamics essentially migrated from the physical structure to the information core (software). The modes of development to organize this information became more sophisticated and this was reflected in the structure of the systems.

Therefore, through the analysis of the structure of a system, it is possible to infer the method used in its constitution. The logic of our latest technologies begins to look more and more like the forms of the Natural System (living beings and their relations), the result is surprisingly positive in comparison, which justifies the inference to design in the causal history of biological organisms.

Nature of Informational Systems: Hierarchies (Trees)

There we have so many trees in computer engineering (Binary tree, Merkle tree, Huffman tree, Red–black tree, priority tree, events tree… and so on) that we can ask at some point: “Am I studying computer science or agronomy?” The tree structure is, I think, the best way to work and organize information.

And the examples for learning programming informational systems? All use analogies with the Natural System. The Natural System is obviously the clearest and perfect model to follow when we know everything that must be made. But isn’t about common descent, instead: is a better and strong design model. It was already knew in the past. No evolutionist can puts out why Linnean’s hierarquical patterns, also was used by creationists like Cuvier, remain, the history of knowledge is a succession of forgettings. Complex systems require nested hierarchies (timeless inheritance), every essentialist knew this.

Natural System: Archetypes versus Common Descent

In the past, what we now call nodes (classes) were viewed as archetypes that underlies and constrain organisms. These archetypes would form a hierarchical nesting a taxonomic relationships among organisms that reflects the implementation method (an informational timeless inheritance). In an evolutionary perspective, all homology are results of common descent. Organisms share the same basic blueprints not because they are instances derived from archetypes, but because they have inherited the patters from a common ancestor, and this has been retained by all subsequent lineages.

Timelessness: Foreknowledge or Prescience

But… if all life could be evaluated as a engineering, the version is the same at all. Each “level”, that corresponds a node in the tree, appear “frozen”. Beginning with the genetic code, called the “frozen accident”. Only a robust project presents such timelessness. Each node of the tree is frozen and the cores don’t change. They see it as “conserved” and use as evidence of common descent. There could be a theory of change and “many possibilities” with a so static core? Is it just that the similarity of this invariability is an “argument for change”? I don’t think so: specific and “islanded” patterns require a very special initial fine adjustment.

Design Unity Argument: Dependency & Natural System

The inheritance by common descent or by design has a same pattern, at first sight. But there is a big problem with inheritance implementation in both. This is a terrible method to increase new levels of complexity. “It turns out to be unwieldy and inflexible.” says Andrew Jones. And he quotes why:

But the really big problem with inheritance is that you’re encouraged to predict the future. Inheritance encourages you to build this taxonomy of objects very early on in your project, and you are most likely going to make design mistakes doing that, because humans cannot predict the future (even though it feels like we can), and getting out of these inheritiance taxonomies is a lot harder than getting out of them.

Thus, the inheritance method restricts the possibilities of the next levels of complexity and makes diversity unfeasible. It is very difficult to work with inheritance because it requires foresight (unless you already know all future demands of the system).

How we solve it? We have to constantly start over from scratch to make the perfect tree (timeless inheritance) or use composition method (that generate dependency graph). Would blind evolution be so lucky as to be better than us?

Darwin’s Trap

So, what makes the darwinism grow up? Three things: materialistic promissory notes, forgetfulness about better models and ignorance about organisms. The first is positive and the others negative, together them made everything possible.

Darwin says:

On the view that each species has been independently created, I can see no explanation of this great fact in the classification of all organic beings…

And… he compares life with stellar classification…

But with organic beings the case is different, and the view above given accords with their natural arrangement in group under group; and no other explanation has ever been attempted.

Pay attention in “no other explanation has ever been attempted”. And he adds:

If species had been independently created, no explanation would have been possible of this kind of classification.

Here, at least, he recognized that tree system is before and, so, independently from his ideas:

The affinities of all the beings of the same class have sometimes been represented by a great tree. I believe this simile largely speaks the truth.

Everything on “Origin of Species” (1859).

He was being ignorant about what ought to know or dishonest. What is worse?

In my opinion? He was lying or omitting, knowing the power of forgetfulness in the history of knowledge. In fact, in terms of knowledge: On ne détruit réellement que ce qu’on remplace (We only really destroy what we replace).

And so… “Nothing in biology makes sense except in the light of evolution!” We have to show that there is no such explanatory exclusivity.

The conflict of the interpretations of the Natural System favors the design in any case. Even if the phylogenetic tree of all life was perfect (inheritance), the best explanation would be design by the force of coherence, which would require astonishing prescience (foresight) of several levels surpassing all the capacity of human engineering. In the case of composition, it is clearly a set of violations of common descent that becomes unjustifiable by any evolutionary perspective. But the tree model is fundamental.

I ask you to think about it carefully.

Best regards,

Versão em português

Meus amigos,

Tenho visto alguns posts sobre algo como um gráfico de dependência para explicar o Sistema Natural. Nossos amigos chamam de “hipótese do gráfico de dependência”. Andrew Jones disse:

Winston Ewert propôs a hipótese do gráfico de dependência como uma explicação superior que explica a organização de dados biológicos de alto nível em termos de design.

Cornelius Hunter expõe uma superioridade esmagadora: “agora temos resultados quantitativos detalhados demonstrando isso. E Ewert fornece um novo modelo, com um ajuste muito superior aos dados”.

Andrew Jones usa a hipótese de dependência para explicar que “Um Padrão Suspeito de Deleções” sugere que a vida é melhor explicada pelo gráfico de dependência do que a árvore filogenética.

Brian Milller foi mais cuidadoso, ele comentou que o trabalho de Ewert “representa apenas o primeiro passo na avaliação e desenvolvimento de sua estrutura. Ainda assim, não se pode exagerar sobre o significado desta pesquisa”. De qualquer forma, agora temos muitas possibilidades.

Raízes Linneanas do Sistema Natural: O padrão das árvores está na base dos sistemas orgânicos

Penso que agora temos uma visão ingênua do design do Sistema Natural em geral. Penso que devemos manter nossas raízes linnaeanas e nossos modelos baseados em árvores, recuperando nossa primazia nesses campos.

Com o desenvolvimento de tecnologias de nível superior de engenharia, o homem se viu diante da imbricação de informações em seus desenvolvimentos. Os sistemas de informação se tornaram o coração de suas criações. Toda dinâmica migrou essencialmente da estrutura física para o núcleo de informações (software). Os modos de desenvolvimento para organizar essas informações se tornaram mais sofisticados e isso se refletiu na estrutura dos sistemas.

Portanto, através da análise da estrutura de um sistema, é possível inferir o método utilizado em sua constituição. A lógica de nossas mais recentes tecnologias começa a se parecer cada vez mais com as formas do sistema natural (seres vivos e suas relações); o resultado é surpreendentemente positivo em comparação, o que justifica a inferência ao design na história causal dos organismos biológicos.

Natureza dos sistemas informacionais: hierarquias (árvores)

Há tantas árvores em engenharia de computação (árvore binária, árvore Merkle, árvore Huffman, árvore vermelho-preta, árvore prioritária, árvore de eventos … e assim por diante) que podemos perguntar em algum momento: “Estou estudando ciência da computação ou agronomia?” acho que a estrutura em árvore é a melhor maneira de trabalhar e organizar as informações.

E os exemplos ao aprender a programar sistemas informacionais? Todos usam analogias com o sistema natural. O Sistema Natural é obviamente o modelo mais claro e perfeito a ser seguido quando sabemos tudo o que deve ser feito. Mas não se trata de descidas incomuns: é um modelo de design melhor e mais forte. Já era conhecido no passado. Nenhum evolucionista pode explicar porque os padrões hierárquicos de Linnean, também usados ??por criacionistas como Cuvier, permaneceram, a história do conhecimento é uma sucessão de esquecimentos. Sistemas complexos requerem hierarquias aninhadas (herança atemporal), todo essencialista sabia disso.

Sistema Natural: Arquétipos versus Ancestralidade Comum

No passado, o que chamamos de nós (classes) era visto como arquétipos subjacentes e restritos aos organismos. Esses arquétipos formam um agrupamento hierárquico de relações taxonômicas entre organismos que refletem o método de implementação (uma herança atemporal informacional). Já em uma perspectiva evolutiva, toda homologia é resultado de ancestralidade comum. Os organismos compartilham os mesmos projetos básicos, não porque são instâncias derivadas de arquétipos, mas porque os padrões são herdados de um ancestral comum, e isso foi mantido por todas as linhagens subsequentes.

Atemporalidade: Antevidência ou Presciência

Mas … se toda a vida puder ser avaliada como engenharia, a versão será a mesma. Cada “nível”, que corresponde a um nó na árvore, aparece “congelado”. Começando com o código genético, chamado de “acidente congelado”. Somente um projeto robusto apresenta tal atemporalidade. Cada nó da árvore está congelado e os núcleos não mudam. Eles vêem isso como algo “conservado” e usam como evidência de ancestralidade comum. Como poderia haver uma teoria baseada em mudanças e “muitas possibilidades” com um núcleo tão estático? E justo a semelhança dessa invariabilidade ser “argumento de mudança”? Eu acho que não: padrões específicos e “ilhados” exigem um ajuste fino inicial muito especial.

Argumento da Unidade de Design: Dependência e Sistema Natural

A herança por descendência comum ou por design tem um mesmo padrão, à primeira vista. Mas há um grande problema com a implementação de herança em ambos. Este é um método terrível para aumentar novos níveis de complexidade. “Isso acaba sendo pesado e inflexível”, diz Andrew Jones. E ele cita o porquê

Mas o grande problema com a herança é que você é incentivado a prever o futuro. A herança o encoraja a criar essa taxonomia de objetos muito cedo no seu projeto, e você provavelmente cometerá erros de design fazendo isso, porque os humanos não podem prever o futuro (mesmo que pareça que podemos), e sair dessas taxonomias de herança é muito mais difícil do que permanecer nelas.

Assim, o método de herança restringe as possibilidades dos próximos níveis de complexidade e inviabiliza a diversidade. É muito difícil trabalhar com herança, porque exige previsão (a menos que você já conheça todas as demandas futuras do sistema).

Como resolvemos isso? Temos que começar constantemente do zero para criar a árvore perfeita (herança atemporal) ou usar o método de composição (que gera gráfico de dependência). A evolução cega teria a mesma sorte de ser melhor do que nós?

Armadilha de Darwin

Então, o que faz o darwinismo crescer? Três coisas: promissórias materialistas, esquecimento sobre melhores modelos e ignorância sobre organismos. O primeiro é positivo e os outros negativos, juntos tornaram tudo possível.

Darwin diz:

Na visão de que cada espécie foi criada independentemente, não vejo explicação para esse grande fato na classificação de todos os seres orgânicos …

E … ele compara a vida com a classificação de estrelas …

Mas, para os seres orgânicos, o caso é diferente, e a visão acima apresentada concorda com seu arranjo natural em grupo sob grupo; e não tentaram nenhuma explicação.

Preste atenção em “não tentaram nenhuma explicação”. Ele acrescenta:

Se as espécies tivessem sido criadas independentemente, nenhuma explicação teria sido possível para esse tipo de classificação.

Aqui, pelo menos, ele reconheceu que o sistema de árvores é anterior e, portanto, independente de suas ideias:

As afinidades de todos os seres da mesma classe foram às vezes representadas por uma grande árvore. Eu acredito que essa comparação diz em grande parte a verdade.

Todas as citações de “Origem das Espécies” (1859).

Ele estava sendo ignorante sobre o que deveria saber ou desonesto. O que é pior?

Na minha opinião? Ele estava mentindo ou omitindo, sabendo do poder do esquecimento na história do conhecimento. De fato, em termos de conhecimento: On ne détruit réellement que ce qu’on remplace (destruímos realmente apenas o que substituímos).

E assim … “Nada na biologia faz sentido, exceto à luz da evolução!” Temos que mostrar que não existe uma exclusividade explicativa.

O conflito das interpretações do Sistema Natural favorece o design em qualquer caso. Mesmo que a árvore filogenética de toda a vida fosse perfeita (herança), a melhor explicação seria design pela força da coerência, o que exigiria uma surpreendente presciência (previsão) de vários níveis, superando toda a capacidade da engenharia humana. No caso da composição, é claramente um conjunto de violações da ancestralidade comum que se torna injustificável por qualquer perspectiva evolutiva. Mas o modelo de árvore é fundamental.

Peço que pensem sobre isso com cuidado.


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