{"id":4861,"date":"2018-12-11T23:40:06","date_gmt":"2018-12-12T01:40:06","guid":{"rendered":"http:\/\/tdibrasil.org\/?p=4861"},"modified":"2021-10-10T12:13:50","modified_gmt":"2021-10-10T15:13:50","slug":"os-ervs-compartilhados-suportam-ancestralidade-comum","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/tdibrasil.org\/index.php\/2018\/12\/11\/os-ervs-compartilhados-suportam-ancestralidade-comum\/","title":{"rendered":"Os ERVs Compartilhados Suportam Ancestralidade Comum?"},"content":{"rendered":"
\"\"
Um tipo de retrov\u00edrus e seus componentes.<\/center><\/figcaption><\/figure>\n
\n

Por Jonathan M.<\/strong> (adapta\u00e7\u00e3o)<\/em><\/p>\n

Em meu\u00a0<\/span>artigo anterior<\/span><\/a>, discuti o contexto de um dos argumentos mais comumente usados \u200b\u200bpara ancestralidade comum de primatas.\u00a0Neste artigo, quero examinar a primeira das tr\u00eas camadas de evid\u00eancia oferecidas por um\u00a0<\/span>artigo de n\u00edvel popular<\/span><\/a>\u00a0escrito sobre esse assunto.<\/span><\/p>\n

O autor do artigo em discuss\u00e3o nos diz:<\/span><\/p>\n

\n

Quando examinamos o genoma coletivo do Homo sapiens, descobrimos que uma parte dele consiste de ERVs (IHGS Consortium, 2001).\u00a0<\/span>Tamb\u00e9m descobrimos que os humanos compartilham a maioria deles com chimpanz\u00e9s, assim como os outros membros de Hominidae (grandes s\u00edmios), os membros de Hylobatidae (gib\u00f5es), e at\u00e9 mesmo os membros de Cercopitheciodae (s\u00edmios do velho mundo) (Kurdyukov et al., 2001; Lebedev et al., 2000; Medstrand e Mager, 1998; Anderssen et al., 1997; Steinhuber et al., 1995).\u00a0<\/span>Uma vez que os seres humanos n\u00e3o podem e\/ou n\u00e3o podem procriar regularmente e ter descendentes f\u00e9rteis com membros dessas esp\u00e9cies e, portanto, n\u00e3o fazem contribui\u00e7\u00f5es consider\u00e1veis \u200b\u200bpara seus reservat\u00f3rios gen\u00e9ticos, e vice-versa, sua heran\u00e7a n\u00e3o pode ser resultado de uni\u00f5es de esp\u00e9cies modernas.\u00a0<\/span>Como mencionado anteriormente, a integra\u00e7\u00e3o paralela \u00e9 descartada pela sele\u00e7\u00e3o de alvos altamente aleat\u00f3ria<\/strong> da integrase.\u00a0<\/span>E mesmo que fosse mais espec\u00edfico do que o observado, exigiria tantas inser\u00e7\u00f5es e endogeniza\u00e7\u00f5es simult\u00e2neas que o modelo evolucion\u00e1rio ainda seria tremendamente mais parcimonioso<\/strong>.\u00a0<\/span>Isso deixa apenas um caminho pelo qual uma ERV poderia ter sido herdada: atrav\u00e9s da reprodu\u00e7\u00e3o sexual de organismos de uma esp\u00e9cie que mais tarde divergiram para a qual os organismos que compartilham a ERV pertencem<\/strong>, ou seja, uma esp\u00e9cie ancestral – simplesmente: humanos e outros primatas devem compartilhar ascend\u00eancia comum.<\/span><\/p>\n<\/blockquote>\n

Qu\u00e3o espec\u00edficas\u00a0<\/span>s\u00e3o<\/span><\/em>\u00a0as integra\u00e7\u00f5es do ERV?\u00a0Na parte do artigo intitulada \u201crespostas criacionistas comuns\u201d, nos \u00e9 dito que:<\/span><\/p>\n

\n

\u2026 Enquanto a inser\u00e7\u00e3o proviral n\u00e3o \u00e9 puramente aleat\u00f3ria, tamb\u00e9m n\u00e3o \u00e9 espec\u00edfica de locus<\/em>;\u00a0<\/span>devido \u00e0 forma como ataca diretamente as liga\u00e7\u00f5es fosfodi\u00e9ster 5 ‘e 3’, sem necessidade de ligadura (Skinner et al., 2001).\u00a0<\/span>Assim, em rela\u00e7\u00e3o \u00e0 aleatoriedade pura, a inser\u00e7\u00e3o \u00e9 n\u00e3o aleat\u00f3ria, mas em rela\u00e7\u00e3o \u00e0 especificidade do locus<\/em>, a inser\u00e7\u00e3o \u00e9 altamente aleat\u00f3ria.<\/span><\/p>\n<\/blockquote>\n

Mesmo?<\/span><\/em><\/p>\n

Vamos tirar alguns momentos para fazer o que qualquer bom estudante de biologia faria – e examinar brevemente parte da literatura.\u00a0<\/span>Em um estudo relevante,\u00a0<\/span>Barbulescu\u00a0<\/span>et al.\u00a0<\/span><\/em>(2001)<\/span><\/a>\u00a0relatam que:<\/span><\/p>\n

\n

Identificamos um prov\u00edrus de retrov\u00edrus end\u00f3geno humano K (HERV-K) que est\u00e1 presente na posi\u00e7\u00e3o ort\u00f3loga nos genomas dos gorilas e chimpanz\u00e9s, mas n\u00e3o no genoma humano.\u00a0<\/span>Os humanos cont\u00eam um local de pr\u00e9-integra\u00e7\u00e3o intacto neste local.\u00a0<\/span><\/strong>[enfase adicionada]<\/span><\/p>\n<\/blockquote>\n

Parece que a explica\u00e7\u00e3o mais plaus\u00edvel para isso \u00e9 uma inser\u00e7\u00e3o independente<\/strong> nas linhagens de gorilas e chimpanz\u00e9s.\u00a0Observe que o local de pr\u00e9-integra\u00e7\u00e3o intacto no locus<\/em> pertinente em humanos exclui a possibilidade<\/strong> de o prov\u00edrus HERV-K ter sido inserido no genoma do ancestral comum de humanos, chimpanz\u00e9s e gorilas, e subsequentemente perdido<\/strong> do genoma humano por processos de recombina\u00e7\u00e3o gen\u00e9tica.\u00a0Embora existam outras hip\u00f3teses poss\u00edveis para esta observa\u00e7\u00e3o (como a ordena\u00e7\u00e3o de linhagem incompleta), no contexto de outras indica\u00e7\u00f5es de prefer\u00eancia de local espec\u00edfico de locus<\/em>, esses dados s\u00e3o, no m\u00ednimo, sugestivos de que essas inser\u00e7\u00f5es podem de fato ser eventos independentes<\/strong>.<\/span><\/p>\n

Mas tem mais.\u00a0<\/span><\/p>\n

Outro estudo, de\u00a0<\/span>Sverdlov (1998)<\/span><\/a>\u00a0relata que:<\/span><\/p>\n

\n

Mas embora esse conceito de seletividade de retrov\u00edrus esteja prevalecendo atualmente, praticamente todas as regi\u00f5es gen\u00f4micas foram relatadas como usadas como alvos prim\u00e1rios de integra\u00e7\u00e3o, por\u00e9m com prefer\u00eancias diferentes.\u00a0Foram identificados “pontos quentes” contendo sites de integra\u00e7\u00e3o usados \u200b\u200bat\u00e9\u00a0<\/span>280 vezes mais do que o previsto matematicamente<\/span><\/strong>\u00a0.\u00a0[enfase adicionada]<\/span><\/p>\n<\/blockquote>\n

Al\u00e9m disso,\u00a0<\/span>Yohn\u00a0<\/span>et al.\u00a0<\/span><\/em>(2005)<\/span><\/a>\u00a0relatam que:<\/span><\/p>\n

\n

Transmiss\u00f5es horizontais entre esp\u00e9cies t\u00eam sido propostas, mas existem poucas evid\u00eancias para tais eventos na linhagem humana\/s\u00edmia da evolu\u00e7\u00e3o.\u00a0<\/span>Com base na an\u00e1lise da sequ\u00eancia do genoma do chimpanz\u00e9 BAC acabado, caracterizamos um elemento retroviral (Pantroglodytes endogenous retrovirus 1 [PTERV1]) que se integrou na linhagem germinativa de grandes s\u00edmios africanos e s\u00edmios do Velho Mundo, mas est\u00e1 ausente dos humanos e dos genomas de primatas asi\u00e1ticos.<\/span><\/p>\n<\/blockquote>\n

Eu poderia continuar na mesma linha por algum tempo.\u00a0Outras classes de retroelementos tamb\u00e9m mostram prefer\u00eancias de sites-alvo bastante espec\u00edficas<\/strong>.\u00a0Por exemplo,\u00a0<\/span>Levy\u00a0<\/span>et al.\u00a0<\/span><\/em>(2009)<\/span><\/a>\u00a0relatam que os\u00a0retroelementos\u00a0<\/span>Alu<\/span><\/em>\u00a0rotineiramente se inserem preferencialmente em certas classes de elementos transpon\u00edveis j\u00e1 presentes, e o fazem com uma orienta\u00e7\u00e3o espec\u00edfica e em localiza\u00e7\u00f5es espec\u00edficas dentro da sequ\u00eancia de elementos m\u00f3veis.\u00a0Al\u00e9m disso, um estudo publicado na\u00a0<\/span>Science<\/span><\/em>\u00a0por\u00a0<\/span>Li\u00a0<\/span>et al.\u00a0<\/span><\/em>(2009)<\/span><\/a>\u00a0descobriram que, no genoma da pulgas-de-\u00e1gua os introns rotineiramente se inserem nos mesmos locus<\/em>, levando o bi\u00f3logo evolucionista, aclamado internacionalmente,\u00a0\u00a0<\/span>Michael Lynch a notar<\/span><\/a>:<\/span><\/p>\n

\n

Notavelmente, encontramos muitos casos de ganhos de intr\u00e3o paralelos em essencialmente os mesmos locais em gen\u00f3tipos independentes.\u00a0Isso argumenta fortemente contra a suposi\u00e7\u00e3o<\/strong> comum de que quando duas esp\u00e9cies compartilham introns no mesmo local, \u00e9 sempre devido \u00e0 heran\u00e7a de um ancestral comum.<\/p>\n<\/blockquote>\n

Finalmente,\u00a0<\/span>Daniels e Deininger (1985)<\/span><\/a>\u00a0sugerem que:<\/span><\/p>\n

\n

\u2026 Existe um mecanismo comum para a inser\u00e7\u00e3o de muitas fam\u00edlias de DNA repetitivo em novos locais gen\u00f4micos.\u00a0<\/span>\u00c9 proporcionado um mecanismo modificado para integra\u00e7\u00e3o espec\u00edfica de local de sequ\u00eancias de ADN repetitivas de primatas que requer inser\u00e7\u00e3o em sequ\u00eancias ricas em dA no genoma.\u00a0<\/span>Este modelo \u00e9 consistente com a rela\u00e7\u00e3o observada entre as subfam\u00edlias galago Tipo II, sugerindo que elas surgiram n\u00e3o por mera muta\u00e7\u00e3o, mas por eventos independentes de integra\u00e7\u00e3o<\/strong>.<\/span><\/p>\n<\/blockquote>\n

Essas prefer\u00eancias do site de destino tamb\u00e9m s\u00e3o documentadas\u00a0<\/span>aqui<\/span><\/a>\u00a0,\u00a0<\/span>aqui<\/span><\/a>\u00a0e\u00a0<\/span>aqui<\/span>.<\/span><\/p>\n

Por<\/span><\/em>\u00a0que essas prefer\u00eancias de site do ERV existem?\u00a0Presumivelmente, porque esses locais s\u00e3o mais prop\u00edcios \u00e0 sua reprodu\u00e7\u00e3o bem-sucedida (por exemplo, a necessidade de express\u00e3o dos elementos reguladores do ERV, a atividade do sistema de corre\u00e7\u00e3o do DNA do hospedeiro, etc.).\u00a0<\/span>Mitchell\u00a0<\/span>et al.\u00a0<\/span><\/em>(2004)<\/span><\/a>\u00a0sugerem\u00a0<\/span>que \u201ca liga\u00e7\u00e3o espec\u00edfica de v\u00edrus dos complexos de integra\u00e7\u00e3o \u00e0s caracter\u00edsticas da cromatina provavelmente guia a sele\u00e7\u00e3o do local\u201d.<\/span><\/em><\/p>\n

Dentre dezenas de milhares de elementos do ERV no genoma humano, aproximadamente quantos s\u00e3o conhecidos por ocupar os mesmos locais em humanos e chimpanz\u00e9s?\u00a0De acordo com\u00a0<\/span>este artigo da Talk-Origins<\/span><\/a>\u00a0pelo menos sete.\u00a0Vamos cham\u00e1-lo de menos de uma d\u00fazia<\/strong>.\u00a0Dado o grande n\u00famero desses retrov\u00edrus em nosso genoma (literalmente dezenas de milhares<\/strong>), e respondendo pela evid\u00eancia de prefer\u00eancias de integra\u00e7\u00e3o e vieses de site que eu documentei acima, quais s\u00e3o as chances de encontrar um punhado de elementos de ERV que se inseriram independentemente no mesmo locus<\/em>?<\/span><\/p>\n

Uma hierarquia aninhada?<\/strong><\/p>\n

E quanto a essa “hierarquia aninhada” da qual nos dizem?<\/span><\/p>\n

Somos (incorretamente)\u00a0<\/span>informados de<\/span><\/a>\u00a0que\u00a0<\/span>\u201cexiste apenas um desvio solit\u00e1rio conhecido da hierarquia distribu\u00edda aninhada;\u00a0um ERV relativamente recentemente endogenizado\/fixado chamado HERV-K-GC1\u201d.\u00a0<\/span><\/em>Essa alega\u00e7\u00e3o, entretanto, \u00e9\u00a0<\/span>falsa<\/span><\/em>.\u00a0\u00a0<\/span>Al\u00e9m do caso mencionado,\u00a0<\/span>Yohn<\/span>et al.\u00a0<\/span><\/em>(2005)<\/span><\/a>\u00a0relata:<\/span><\/p>\n

\n

Realizamos duas an\u00e1lises para determinar se esses 12 intervalos compartilhados podem, de fato, ser ort\u00f3logos.\u00a0Primeiro, examinamos a distribui\u00e7\u00e3o de locais compartilhados entre esp\u00e9cies (Tabela S3).\u00a0Descobrimos que a distribui\u00e7\u00e3o \u00e9 inconsistente com a filogenia geralmente aceita dos primatas catarrinos.\u00a0Isto \u00e9 particularmente relevante para a linhagem humana\/grandes s\u00edmios.\u00a0Por exemplo, apenas um intervalo \u00e9 compartilhado por gorila e chimpanz\u00e9;\u00a0no entanto, dois intervalos s\u00e3o compartilhados por gorila e babu\u00edno;\u00a0enquanto tr\u00eas intervalos aparentemente s\u00e3o compartilhados por macacos e chimpanz\u00e9s.\u00a0Nossa an\u00e1lise de Southern mostra que humanos e orangotangos carecem completamente da sequ\u00eancia PTERV1 (veja a Figura 2A).\u00a0Se esses locais fossem verdadeiramente ort\u00f3logos e, portanto, ancestrais no ancestral humano\/s\u00edmios, seria necess\u00e1rio que pelo menos seis desses locais fossem exclu\u00eddos na linhagem humana.\u00a0Al\u00e9m disso,\u00a0os mesmos seis locais exatos tamb\u00e9m teriam que ser deletados na linhagem do orangotango se a filogenia geralmente aceita estiver correta.\u00a0Tal s\u00e9rie de eventos de dele\u00e7\u00e3o independentes nos mesmos locais precisos do genoma \u00e9 improv\u00e1vel.<\/span>
\n[\u2026]\u00a0<\/span>
\nV\u00e1rias linhas de evid\u00eancia indicam que c\u00f3pias de chimpanz\u00e9s e gorilas PTERV1 surgiram de uma fonte ex\u00f3gena.\u00a0Primeiro, n\u00e3o h\u00e1 virtualmente nenhuma sobreposi\u00e7\u00e3o (menos de 4%) entre a localiza\u00e7\u00e3o das inser\u00e7\u00f5es entre chimpanz\u00e9s, gorilas, macacos e babu\u00ednos, tornando improv\u00e1vel que c\u00f3pias end\u00f3genas existissem em um ancestral comum e posteriormente fossem exclu\u00eddas na linhagem humana e na\u00a0linhagem de orangotangos.\u00a0Segundo, a \u00e1rvore filogen\u00e9tica PTERV1 \u00e9 inconsistente com a \u00e1rvore de esp\u00e9cies geralmente aceitas para os primatas, sugerindo uma transmiss\u00e3o horizontal em oposi\u00e7\u00e3o a uma transmiss\u00e3o vertical de um ancestral comum de s\u00edmios.\u00a0Uma explica\u00e7\u00e3o alternativa pode ser que a filogenia dos primatas \u00e9 grosseiramente incorreta, como foi proposto por uma minoria de antrop\u00f3logos.<\/span><\/p>\n<\/blockquote>\n

Por mais irritante que possa parecer para o modelo evolucion\u00e1rio, h\u00e1, de fato, um n\u00famero significativo de desvios da filogenia ortodoxa.<\/p>\n

Na parte final desta s\u00e9rie de blogs, discutirei o argumento baseado em \u201cerros compartilhados\u201d nesses elementos de ERV, bem como o argumento baseado em graus de diverg\u00eancia entre as repeti\u00e7\u00f5es terminais retrovirais de 5 \u2032 e 3 \u2032 de comprimento (LTRs).<\/span><\/p>\n

\n

Original:\u00a0Jonathan M<\/strong>. Do Shared ERVs Support Common Ancestry?<\/a> May 26, 2011.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Por Jonathan M. (adapta\u00e7\u00e3o) Em meu\u00a0artigo anterior, discuti o contexto de um dos argumentos mais comumente usados \u200b\u200bpara ancestralidade comum de primatas.\u00a0Neste artigo, quero examinar […]<\/a><\/p>\n<\/div>","protected":false},"author":1,"featured_media":4865,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[18,19,40],"tags":[72,332,352,827,829],"class_list":["post-4861","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-evolucao","category-filogenia","category-traducao","tag-ancestralidade-comum","tag-endogenos-retrovirus","tag-erv","tag-retrovirus","tag-retrovirus-endogenos"],"yoast_head":"\nOs ERVs Compartilhados Suportam Ancestralidade Comum? » Portal TDI Brasil +<\/title>\n<meta name=\"description\" content=\"Por Jonathan M. 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