{"id":4558,"date":"2018-09-02T23:44:21","date_gmt":"2018-09-03T02:44:21","guid":{"rendered":"http:\/\/tdibrasil.org\/?p=4558"},"modified":"2021-10-10T03:51:17","modified_gmt":"2021-10-10T06:51:17","slug":"um-padrao-suspeito-de-delecoes","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/tdibrasil.org\/index.php\/2018\/09\/02\/um-padrao-suspeito-de-delecoes\/","title":{"rendered":"Um Padr\u00e3o Suspeito de Dele\u00e7\u00f5es"},"content":{"rendered":"<figure id=\"attachment_4561\" aria-describedby=\"caption-attachment-4561\" style=\"width: 580px\" class=\"wp-caption aligncenter\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"wp-image-4561 size-full\" src=\"https:\/\/tdibrasil.org\/wp-content\/uploads\/2018\/09\/nematodecyst.jpg\" alt=\"\" width=\"580\" height=\"361\" \/><figcaption id=\"caption-attachment-4561\" class=\"wp-caption-text\"><center>Um nematoide de cisto de soja (<a href=\"https:\/\/commons.wikimedia.org\/wiki\/File:Soybean_cyst_nematode_and_egg_SEM.jpg\" rel=\"noopener noreferrer\" target=\"_blank\">ARS-USDA<\/a>)<\/center><\/figcaption><\/figure>\n<hr \/>\n<p>Por <strong>Andrew Jones<\/strong><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">Recentemente Winston Ewert publicou um artigo na <a href=\"https:\/\/bio-complexity.org\/ojs\/index.php\/main\/article\/view\/BIO-C.2018.3\" rel=\"noopener noreferrer\" target=\"_blank\"><em>BIO-Complexity<\/em><\/a> sugerindo que a vida \u00e9 melhor explicada por um gr\u00e1fico de depend\u00eancia do que por uma \u00e1rvore filogen\u00e9tica. O estudo examina a presen\u00e7a ou aus\u00eancia de fam\u00edlias de genes em diferentes esp\u00e9cies, mostrando que fam\u00edlias de genes precisariam ter sido perdidas muitas vezes (em um mesmo padr\u00e3o) se a ancestralidade comum fosse verdadeira. Al\u00e9m disso, o padr\u00e3o dessas perdas repetidas\u00b9 exibe um ajuste &#8220;suspeitamente&#8221; melhor a outro padr\u00e3o: um gr\u00e1fico de depend\u00eancia.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;font-size:11px\"><strong>Nota do tradutor \u00b9:<\/strong> a ideia de perdas j\u00e1 \u00e9 uma interpreta\u00e7\u00e3o evolutiva para o caso.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">Acontece que esse padr\u00e3o de \u201cexclus\u00f5es\u201d n\u00e3o aleat\u00f3rias foi percebido antes, embora pare\u00e7a que os pesquisadores envolvidos n\u00e3o tenham percebido que poderiam estar olhando para um gr\u00e1fico de depend\u00eancia. Em 2004, Austin Hughes e Robert Friedman publicaram um artigo intitulado \u201c<a href=\"https:\/\/link.springer.com\/article\/10.1007\/s00239-004-0115-7\" rel=\"noopener noreferrer\" target=\"_blank\"><em>Derramando o lastro gen\u00f4mico: extensa perda paralela de fam\u00edlias de genes ancestrais em animais<\/em><\/a>\u201d. (Para mais sobre Hughes, que faleceu em 2015, veja <a href=\"https:\/\/inference-review.com\/article\/the-neutral-theory-of-evolution\/\" rel=\"noopener noreferrer\" target=\"_blank\">aqui no jornal online <em>Inference<\/em><\/a>). Do resumo:<\/p>\n<blockquote>\n<p style=\"text-align: justify;\">Um exame do padr\u00e3o de perda da fam\u00edlia de genes em genomas de animais completamente sequenciados revelou que as mesmas fam\u00edlias de genes foram perdidas independentemente em diferentes linhagens em uma extens\u00e3o muito maior do que o esperado se a perda de genes ocorresse aleatoriamente.<\/p>\n<\/blockquote>\n<p><strong>O genoma nematoide<\/strong><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">Eles observaram que diferentes aspectos do genoma do nematoide sugerem que ele pertence a diferentes lugares da \u00e1rvore da vida. Eles argumentam que a presen\u00e7a ou aus\u00eancia de genes poderia ser melhor para inferir rela\u00e7\u00f5es filogen\u00e9ticas do que semelhan\u00e7as de sequ\u00eancias, e eles descobriram que esse m\u00e9todo produzia a \u00e1rvore filogen\u00e9tica padr\u00e3o com suporte 100% \u00e0s estruturas essenciais. No entanto, eles tamb\u00e9m descobriram que muitos genes foram &#8220;perdidos&#8221; em paralelo, em m\u00faltiplos ramos da \u00e1rvore. Uma cr\u00edtica ao trabalho de Ewert \u00e9 que esse fen\u00f4meno pode ser devido \u00e0 falta de dados: nem todos os genes de todas as esp\u00e9cies foram catalogados. Mas Hughes e Friedman usaram cinco genomas inteiros, e assim eles poderiam argumentar que o padr\u00e3o \u00e9 real, n\u00e3o um artef\u00edcio.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">Hughes e Friedman tamb\u00e9m argumentam que <strong>a transfer\u00eancia horizontal de genes \u00e9 uma explica\u00e7\u00e3o muito menos prov\u00e1vel, uma vez que raramente \u00e9 vista em animais<\/strong>, e \u00e9 ainda mais devido ao fato de algumas fam\u00edlias de genes estarem \u201cperdidas\u201d ou outras serem \u201cextras\u201d. Os desvios da \u00e1rvore n\u00e3o s\u00e3o distribu\u00eddos aleatoriamente.<\/p>\n<p><strong>Fun\u00e7\u00f5es essenciais descart\u00e1veis?<\/strong><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">Al\u00e9m disso, muitas das fam\u00edlias de genes &#8220;perdidos&#8221; n\u00e3o aleatoriamente eram elementos da maquinaria nuclear da c\u00e9lula, incluindo prote\u00ednas envolvidas na s\u00edntese de amino\u00e1cidos, s\u00edntese de nucleot\u00eddeos e tradu\u00e7\u00e3o de RNA para prote\u00edna. Apesar disso, os pesquisadores argumentaram:<\/p>\n<blockquote>\n<p style=\"text-align: justify;\">O fato de numerosas fam\u00edlias de genes terem sido perdidas em paralelo em diferentes linhagens animais sugere que esses genes codificam prote\u00ednas com fun\u00e7\u00f5es que foram repetidamente descart\u00e1veis \u200b\u200bem rela\u00e7\u00e3o \u00e0 evolu\u00e7\u00e3o dos animais.<\/p>\n<\/blockquote>\n<p style=\"text-align: justify;\">Fun\u00e7\u00f5es principais que tamb\u00e9m s\u00e3o descart\u00e1veis? Os pesquisadores est\u00e3o sugerindo que todas as fam\u00edlias de genes estavam presentes no ancestral comum de todos os animais, que <strong>tinham um metabolismo maci\u00e7o e ineficiente<\/strong>, com m\u00faltiplos caminhos diferentes para fazer qualquer s\u00edntese particular, e ent\u00e3o os perderam ao longo do tempo porque os animais precisam ter <strong>um metabolismo mais eficiente<\/strong>. Tudo bem, mas por que tem todos esses caminhos extras? E quando todas as fam\u00edlias de genes deveriam ter evolu\u00eddo? Isso manobra todos os eventos evolutivos criativos (constru\u00e7\u00e3o de complexidade) de volta ao Big Bang biol\u00f3gico da Explos\u00e3o Cambriana.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">A hip\u00f3tese de Ewert explica os mesmos dados de maneira mais simples: nunca houve um ancestral inchado e esses genes n\u00e3o foram perdidos tantas vezes. O padr\u00e3o n\u00e3o \u00e9 melhor explicado por qualquer tipo de \u00e1rvore. \u00c9 melhor explicado por um gr\u00e1fico de depend\u00eancia\u00b2.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;font-size:11px\"><strong>Nota do tradutor \u00b2:<\/strong> E podemos acrescentar o fato das novas maquinarias que surgiram independentemente estarem sobre os mesmos princ\u00edpios de design. Ter\u00edamos a coincid\u00eancia perp\u00e9tua nas dele\u00e7\u00f5es e nas novidades de estruturas biol\u00f3gicas.<\/p>\n<p>&#8230;<\/p>\n<p><strong>Andrew Jones<\/strong>. A Suspicious Pattern of Deletion. Agosto 23, 2018.<br \/>\n<a href=\"https:\/\/evolutionnews.org\/2018\/08\/a-suspicious-pattern-of-deletions\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">(Acessar)<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<div class=\"mh-excerpt\"><p>Por Andrew Jones Recentemente Winston Ewert publicou um artigo na BIO-Complexity sugerindo que a vida \u00e9 melhor explicada por um gr\u00e1fico de depend\u00eancia do que <a class=\"mh-excerpt-more\" href=\"https:\/\/tdibrasil.org\/index.php\/2018\/09\/02\/um-padrao-suspeito-de-delecoes\/\" title=\"Um Padr\u00e3o Suspeito de Dele\u00e7\u00f5es\">[&#8230;]<\/a><\/p>\n<\/div>","protected":false},"author":1,"featured_media":4561,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[24,25],"tags":[108,399,426,466,508,705],"class_list":["post-4558","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-genetica","category-geral","tag-arvore-de-dependencia","tag-ewert","tag-filogenia","tag-grafico-de-dependencia","tag-inferencia-ao-design","tag-padrao"],"yoast_head":"<!-- This site is optimized with the Yoast SEO plugin v18.9 - https:\/\/yoast.com\/wordpress\/plugins\/seo\/ -->\n<title>Um Padr\u00e3o Suspeito de Dele\u00e7\u00f5es &raquo; 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