Porque os darwinistas estão furiosos com o projeto ENCODE? Livnat explica

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Uma das maiores ambições do mundo científico é compreender o genoma humano (DNA) em sua totalidade, e um dos maiores passos nesse sentido foi o Projeto Genoma Humano, iniciado em 1988 [1]. Dada a complexidade do nosso DNA (e graças à tecnologia menos avançada usada durante o processo), o primeiro esboço do genoma inteiro só veio a ser divulgado em 2000, levando mais 3 anos para a divulgação de sua forma definitiva [1].

Apesar de o genoma ter sido completamente mapeado, logo ficou claro que os cientistas não chegaram nem perto de atingir seu objetivo final. Dos mais de 3.2 bilhões de bases pareadas do nosso DNA, menos de 2% representa a região responsável por codificar proteínas (isto é, que possuem “instruções” sobre como “montá-las”) [2]. Ou seja, ~98% do DNA se mostrou um completo mistério e, graças ao pensamento darwinista, essa vasta região foi e ainda é rotulada como “junk DNA” (DNA lixo), mera “sucata” acumulada durante bilhões de anos de história e “experimentos” evolutivos.[3]

A fim de elucidar a função dessa região, surgiu o projeto internacional ENCODE (Enciclopédia de Elementos do DNA) em 2003, contando com a participação de 27 institutos [4]. Em 2012, veio a bomba: em um artigo assinado por todos os líderes do projeto, divulgou-se que ao menos 80.4% do genoma humano é ativo, funcional [5] [6]!

Logo do Projeto ENCODE

Eu uso o termo “bomba” porque essa notícia rapidamente se tornou o estopim de uma verdadeira controvérsia acadêmica, justamente por ter instigado a ira de um certo grupo… Sim, é claro que estou me referindo aos biólogos evolutivos, que logo publicaram críticas exasperadas contra o projeto ENCODE (contra o percentual citado acima e contra a afirmação de que “todos os livros didáticos estão errados[6], feita por um dos líderes do ENCODE), a exemplo de Dan Graur [6] e W. F. Doolitler [7], entre outros.

Aparentemente, o embate é motivado pela definição de “função” usada pela equipe do ENCODE (para eles, funcionalidade é atribuída a segmentos no genoma que codificam um produto definido (e.g. proteína ou RNA não-codificante (ncRNA)) ou demonstram uma assinatura bioquímica (segmentos onde proteínas se ligam; encontrados em regiões de cromatina aberta; localizados em regiões contendo acentuassomos (enhancers); segmentos que contenham uma região CpG metilada ou que sejam associados a histonas [5, 6]). Para Graur e colegas darwinistas, “função” significa uma região “conservada” pela seleção “purificadora” que não pode ser sujeita a mutações deletérias [6], encontrada em duas ou mais espécies próximas [8].

Uma das ilustrações demonstrando resultados dos estudos do ENCODE [Fonte: https://www.encodeproject.org/]

Todavia, como podemos ler nas palavras de Adi Livnat (primeira imagem), a disputa contra os 80% é claramente causada por sua incompatibilidade com o paradigma darwinista tradicional que impera desde os anos 1930 (data de origem da síntese moderna), que defende que mutações benéficas que se acumulariam ao ponto de gerarem alguma função (e.g. um gene que produza uma proteína responsável por um fenótipo) seriam conservadas pela seleção natural. Mas, para gerar um só gene operante, muitas tentativas falhas ocorreriam, gerando um monte de sucata acumulada.

Isso é evidência incontestável de que o apego dos darwinistas ao paradigma supera até mesmo a sede e compromisso com o progresso científico… E não estou exagerando aqui, o próprio Doolittle  deixa isso claro:

‘Eu sugerirei que nós, como biólogos, defendamos a concepção tradicional de função: a publicidade ao redor do ENCODE revela a extensão do quanto essa concepção tem erodido’ [7]

Assim como Graur, que atesta que o ENCODE não oferece razões suficientes para:

‘Abandonar a concepção prevalente entre os biólogos evolutivos segundo a qual muito do genoma humano é desprovido de função’ [6]

Seguindo o pensamento darwinista à risca, eles chegam a predizer que a maior parte do junk DNA nunca sequer irá adquirir função alguma [9] ! Imaginem o que seria da ciência se toda a comunidade levasse essa suposição darwinista a sério… Simplesmente todas as pesquisas deveriam ser abandonadas, afinal, de que adianta pesquisar sucata inútil e descartável? Isso seria uma tragédia, principalmente para a medicina, impedindo inclusive a compreensão da causa de doenças como câncer, e a descoberta de tratamentos eficazes contra as mesmas… Mas, para nossa sorte, os pesquisadores biomédicos, entre outros, têm celebrado grandemente o projeto ENCODE, reconhecendo seu benefício potencial para o avanço das áreas da saúde. Marco Galasso et al. , por exemplo, descrevem bem a importância do estudo dos ncRNAs:

‘Nos últimos anos se tornou claro que os ncRNAs estão envolvidos em muitos processos fisiológicos e contribuem na alteração molecular em casos patológicos. Inúmeras classes de ncRNAs, como o siRNA, microRNA, piRNA, snRNA e regiões transcritas ultra-conservadas têm participação em casos de câncer, doenças cardíacas, desordens auto-imunes, metabólicas e neurodegenerativas. NcRNAs possuem papel fundamental na regulação genética […]’ [10]

Em harmonia com o que é defendido pelos proponentes do Design Inteligente, Bhatia e Kleinjan [11] relatam:

‘O CONTROLE PRECISO da expressão de PROGRAMAS genéticos é crucial para o estabelecimento de diversos padrões de atividades gênicas necessárias para o desenvolvimento, modelagem e diferenciação de milhares de tipos de células de um organismo. A importância crucial das regiões não-codificantes é um fato bem estabelecido e depende de diversos grupos de fragmentos chamados de elementos cis-regulatórios […] Maior entendimento sobre o controle da expressão dos genes é de suma importância para a saúde humana, visto que defeitos nessa regulação são uma sabida causa significante de enfermidades.’ (ênfase minha)

 

Lista básica com alguns ncRNAs, comprimento, em quais domínios são encontrados e suas respectivas funções.

Os diversos danos que a evolução vem causando à ciência são algumas das maiores razões pelas quais nos manifestamos contra essa equivocada “teoria”. Os erros induzidos pelo darwinismo no passado (como é o caso das fraudes de Haeckel e o homem de Piltdown, etc; conceitos nocivos (e.g. órgãos “vestigiais”, eugenia e darwinismo social) e equívocos científicos (junk DNA)) são até perdoáveis; no entanto, é inadmissível que darwinistas prossigam prejudicando a ciência em prol da manutenção dessa síntese falha e arcaica, tudo isso por obstinação e intriga contra o movimento do design inteligente, como apontado por J. Mattick e Dinger [3]:

‘Finalmente, sugerimos que a resistência contra os resultados do ENCODE é motivada também, em certos casos, pelo uso do conceito dúbio do junk DNA como evidência contra o design inteligente’.

E o furor dos darwinistas contra o ENCODE continua, inclusive nas redes sociais [12], mas nada que fizerem irá impedir essa nova tendência protagonizada por esse e outros projetos paralelos, e múltiplos estudos continuarão revelando as funções cruciais dessas dezenas de ncRNAs para a estabilidade do genoma e sua regulação. Essa verdadeira revolução nas áreas biológicas tem, inclusive, levado defensores da evolução, incluindo o próprio Adi Livnat, a criticarem ferrenhamente a síntese moderna, pedindo por reformas, ou mesmo completa substituição dela.

E, como sempre, o avanço dessas pesquisas (e da ciência em geral) somente reforçará ainda mais a Teoria do Design Inteligente como o paradigma correto e mais harmônico com os fatos.


Referências

[1] The Human Genome Project Completion: Frequently Asked Questions. <https://www.genome.gov/11006943>

[2] Cory McLean and Gill Bejerano. Dispensability of mammalian DNA. Genome Res. Oct 2, 2008; doi: 10.1101/gr.080184.108

[3] J S Mattick, M E Dinger. The extent of functionality in the human genome. The HUGO Journal 2013, 7:2 doi:10.1186/1877-6566-7-2

[4] The ENCODE Project Consortium (2011) A User’s Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE). PLoS Biol 9(4): e1001046. doi:10.1371/
journal.pbio.1001046

[5] The ENCODE Project Consortium (2012) An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome. Nature. 2012 Sep 6;489(7414):57-74 doi:10.1038/nature11247

[6] Dan Graur, Yichen Zheng, Nicholas Price, Ricardo B.R. Azevedo, Rebecca A. Zufall, and Eran Elhaik (2013). On the Immortality of Television Sets: “Function” in the Human Genome According to the Evolution-Free Gospel of ENCODE. Genome Biol. Evol.5 (3):578–590. doi:10.1093/gbe/evt028

[7] W. Ford Doolittle (2012) Is junk DNA bunk? A critique of ENCODE. PNAS April 2, 2013 vol. 110 no. 14 5294-5300 doi: 10.1073/pnas.1221376110

[8] Manolis Kellis et al. Defining functional DNA elements in the human genome. PNAS April 29, 2014 vol. 111 no. 17 6131-6138 doi:10.1073/pnas.1318948111

[9] Garrido-Ramos (2015) Satellite DNA in Plants: More than Just Rubbish. Cytogenet Genome Res 2015;146:153-170 (DOI:10.1159/000437008)

[10] Marco Galasso, Maria Elena Sana and Stefano Volinia (2010) Non-coding RNAs: a key to future personalized molecular therapy? Genome Medicine 2010, 2:12 doi:10.1186/gm133

[11] Shipra Bhatia, Dirk A. Kleinjan. (2014) Disruption of long‑range gene regulation in human genetic disease: a kaleidoscope of general principles, diverse mechanisms and unique phenotypic consequences. Hum Genet DOI 10.1007/s00439-014-1424-6. Springer

[12] Chris Woolston. Furore over genome function. Nature 512, 9 (07 August 2014) doi:10.1038/512009e Published online 06 August 2014


Wallace de Souza Barbosa
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Natural de SP mas nordestino por adoção, amante da ciência, principalmente da área biológica; cético contra a evolução desde 2011, quando primeiro me deparei com argumentos científicos convincentes contra a mesma.

3 Comentários

  1. Nenhum “darwinista” está furioso com o projeto ENCODE, embora os criacionistas gostem de acreditar nisso. Na verdade eles estão encantados com o enorme campo de variação que a inclusão dos trechos não codificantes como funcionais no DNA abre para a evolução. Inclusive porque a definição adotada de “funcional” inclui uma infinidade de coisas que não tem efeito metabólico algum (como o gene PrPc, que não serve para nada além de possibilitar o surgimento da doença da vaca-louca), mas que podem ser cooptadas por mutações posteriores para cumprir funções úteis, exatamente o motor básico da evolução natural.

    • “Nenhum “darwinista” está furioso com o projeto ENCODE, embora os criacionistas gostem de acreditar nisso.”

      Nada a acrescentar aqui, o artigo acima já deixa claro que sim, os principais proponentes da evolução estão extremamente furiosos com o Projeto ENCODE, assim como hostilizaram a pioneiros com pesquisas sobre epigenética (considerada como uma “heresia evolutiva”) como é o caso de Michael Skinner, onde um artigo da Science relata reações contra seus trabalhos:

      “Toxicologists are so outraged that they have tried to block his funding, he says. Geneticists resist having their decades-old understanding
      of inheritance overturned. Then there are the evolutionary biologists, who have “the biggest knee-jerk reaction of all.http://science.sciencemag.org/content/343/6169/361

      ” Na verdade eles estão encantados”

      Sim, cientistas que priorizam a ciência e medicina estão jubilosos quanto ao potencial oferecido por essas e outras informações sobre a elusiva região não-codificante do DNA.

      “com o enorme campo de variação que a inclusão dos trechos não codificantes como funcionais no DNA abre para a evolução.”

      Sei, de mero DNA “sucata”, até “ontem” considerada como lixo inútil acumulado por milhões de anos, agora essa região se tornou importante para a evolução… De qualquer jeito, eu não ficaria entusiasmado se eu fosse você, mais camadas de regulação genética representa ainda mais problemas para o arcabouço darwinista… E fortalece ainda mais a teoria do DI.

      “(como o gene PrPc, que não serve para nada além de possibilitar o surgimento da doença da vaca-louca), mas que podem ser cooptadas por mutações posteriores para cumprir funções úteis, exatamente o motor básico da evolução natural.”

      Logo de cara notei dois graves problemas na tua argumentação final:

      1°- Se esse ou qualquer outro gene não servem para nada, então porque ainda se encontram presentes nos organismos, em vez de terem sido eliminados pela seleção natural, que inclusive dá cabo até de traços plenamente funcionais que não estejam sendo usados em um dado ambiente:

      “In population genetics, there are two general explanations for the loss of an unused trait during evolution. It can be lost by natural selection because of a genetically based trade-off where the same gene affects both the unused trait and another trait that is beneficial in the evolution environment. Mutations that improve the beneficial trait simultaneously cripple the unused trait, causing it to be lost because of natural selection on the genetically linked beneficial trait (26, 27). Such trade-offs explain (for example) losses in the ability to metabolize single-carbon compounds in Methylobacterium after extended evolution with succinate (28). An alternative explanation for loss of an unused trait is that it occurs by the chance accumulation of mutations in genes required for its proper functioning (27, 29). Mutations in the trait are neutral with respect to fitness and hence accumulate as a result of neutral processes, as observed in insect endosymbionts (30) and in losses in Bacillus spore production (31).” http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4205623/

      Outro artigo declara:

      “The transition from generalist to specialist may entail the loss of unused traits or abilities, resulting in narrow niche breadth. Here we examine the process of specialization in digital organisms—self-replicating computer programs that mutate,adapt, and evolve. […] Our results show that as organisms evolved improved performance of the selected function, they often lost the ability to perform other computations, and these losses resulted most often from the accumulation of neutral and deleterious mutations. Beneficial mutations, although relatively rare, were disproportionately likely to cause losses of function, indicating that antagonistic pleiotropy contributed significantly to niche breadth reductions in this system” http://www.jstor.org/stable/pdf/10.1086/510211.pdf?acceptTC=true

      2° De onde tirou a ideia de que o gene PrPc não serve para nada? Uma simples pesquisa já demonstra que ele é fundamental até para a sobrevivência de organismos:

      “The prion protein (PrP) is highly conserved and ubiquitously expressed, suggesting that it plays an important physiological function. However, despite decades of investigation, this role remains elusive. Here, by using animal and cellular models, we unveil a key role of PrP in the DNA damage response. Exposure of neurons to a genotoxic stress activates PRNP transcription leading to an increased amount of PrP in the nucleus where it interacts with APE1, the major mammalian endonuclease essential for base excision repair, and stimulates its activity. Preventing the induction of PRNP results in accumulation of abasic sites in DNA and impairs cell survival after genotoxic treatment. Brains from Prnp−/− mice display a reduced APE1 activity and a defect in the repair of induced DNA damage in vivo. Thus, PrP is required to maintain genomic stability in response to genotoxic stresses.” http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4333392/

  2. A grande celeuma com relação ao projeto ENCODE não está em qualquer possibilidade dele sustentar o DI ou colocar problemas para a TE, mas apenas na definição abrangente demais usada pelos pesquisadores do ENCODE para a palavra função. Para eles qualquer interação bioquímica de um trecho do DNA foi definida como “função”, ao passo que em geral a palavra função é usada apenas quando se refere a interações que produzam efeitos metabólicos ou no desenvolvimento do organismo. Trechos de DNA que codifiquem RNA ou interajam com proteínas/enzimas que não causem nenhum efeito não podem ser definidos como tendo alguma função, mas apenas “atividade”. E muita da atividade bioquímica em muitos os organismos é mesmo inútil, apenas resquício de coisas que um dia tiveram alguma função, ou até mesmo acidentes na duplicação genética (as já muito conhecidas mutações neutras). Só o que o ENCODE mostrou é que a boa parte do DNA inútil gera reações inúteis. E isso é contrário às premissas do DI (denotaria um projeto mal feito).

    O DNA “sucata” sempre foi considerado um dos principais motores da evolução, justamente porque permite o surgimento de informações novas à partir de trechos que não afetam o funcionamento dos mecanismos metabólicos e de desenvolvimento realmente necessários para o funcionamento dos organismos. É exatamente assim que coisas como duplicações acidentais de genes ou mesmo cromossomos inteiros, inserções de retrovírus e etc… fornecem matéria-prima para mutações que ACRESCENTAM novas características ao patrimônio genético sem destruir as já existentes e necessárias. Do “lixo” acumulado surgem as “pérolas”, que depois a seleção natural passa a favorecer. Isso é um conceito já bem antigo da Nova Síntese Evolutiva, não percebo porque a surpresa.

    Talvez até o PrPC tenha alguma função (eu desconhecia este estudo), mas isso ainda não está certo. Ratos mutantes sem este gene ou linhagens que o tiveram desativado por engenharia genética nunca apresentaram problemas em ambientes normais, sem serem “envenenados” com agentes tóxicos para os genes. Mas mesmo que ele tenha alguma função, foi apenas um exemplo citado, existem diversas outros genes que regem mecanismos metabólicos sem função, como a L-gulonolactone oxidase que deveria sintetizar a vitamina-C mas em nossos corpos é não-funcional. De qualquer forma o conceito básico permanece: Nosso organismo é altamente não-otimizado, cheio de “defeitos” que seriam esperáveis de uma evolução cega e fortuita, mas não de um projeto realizado por um ser superior. E exatamente por ser cega e fortuita a evolução não elimina necessariamente todas estas imperfeições, mas apenas as que apresentam algum impacto seletivo. Tanto faz se um organismo qualquer produz internamente n substâncias que não afetam o metabolismo e são simplesmente eliminadas ou reaproveitadas depois, se isso não altera a taxa reprodutiva.

    E os resultados do projeto ENCODE só mostram isso em um nível ainda mais profundo (os defeitos não se restringem aos genes, ocorrem em toda a cadeia metabólica). Em que isso afetaria a TE?

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